Hacia el año 300 de nuestra era, los antiguos zoques, los olmecas, se instalaron en la región como lo atestiguan los vestigios arqueológicos que se encuentran en el municipio. Ellos nombran a Coapilla, "kuñämä", que en lengua zoque significa "corona de cerros". En 1524 durante la colonización europea, los zoques de la región fueron repartidos entre los encomenderos de Coatzacoalcos, por lo que la población decreció notablemente; en 1778, se levantó un censo que arrojó una población de 118 zoques; en 1826, se realizó la primera dotación ejidal, la cual se amplió en 1849; el 19 de agosto de 1880, se rectificó el plano representativo del pueblo; el 31 de julio de 1909, se inició la construcción de la primera escuela oficial; el 13 de noviembre de 1882, se creó el Departamento de Mezcalapa del cual Coapilla pasó a depender.
En el año 2000 aproximadamente, se concedió un permiso de tala de árboles, dejando como saldo cientos de hectáreas deforestadas. Los productos maderables son fuente de los principales recursos económicos para algunas personas de este municipio. A pesar de ello, la explotación forestal ha dejado varios estragos ecológicos en el territorio, pues daña mantos acuíferos y el suelo, también ha propiciado la tala ilegal agudizando conflictos entre ejidatarios y deforestadores.
En cuanto a lo cultural, el municipio de Coapilla tiene sus orígenes directos en el pueblo Zoque de la región; lo cual, al mezclarse con elementos culturales traídos por los conquistadores españoles, dieron lugar a la vestimenta, música y tradiciones que le caracterizan hoy en día.
Gran parte de estas expresiones, giran en torno a la laguna conocida como "Laguna encantada", ubicada en la cabecera municipal y que es punto de partida de muchas leyendas.
